Można by przypuszczać że z taką nazwą ta gra logiczna pochodzi z kraju Kwitnącej Wiśni, jednak nic bardziej  mylnego.
Po raz pierwszy została ona opublikowana pod nazwą "Number Place" w Ameryce, skąd dotarła do Japoni poprzez wydawnictwo Nikoli, gdzie jej nazwa została zmieniona na su - cyfra, oraz doku - pojedyncza.
Sudoku od razu stało się bardzo popularne w Japoni, gdzie zagadki cyfrowe cieszą się większą popularnością od literowych (np krzyżówki, ze względu na Japoński alfabet, nie są tam zbyt popularne)
Sudoku nie jest zagadką matematyczną ani arytmetyczną - cyfry mogą być zastąpione literami lub symbolami i nie zmieni  to zasad.

Łamigłówka stała się bardzo popularna w Wielkiej Brytanii po tym, jak 12 grudnia 2004 roku zaczął ją publikować na swych łamach "The Times". W Polsce diagramy Sudoku ukazywały się między innymi w "Polityce" i "Gazecie Wyborczej".